MOE是由加拿大CCG公司开发的分子模拟药物设计综合软件，是一个功能强大完整的药物设计平台，支持从小分子药物到大分子药物设计的方方面面。

MOE在小分子药物设计领域有非常成熟的应用，几乎涵盖小分子药物设计所需的所有功能模块，如药效团、分子对接、结构-活性分析、定量构效关系、骨架置换、基于结构的药物设计、基于片段的药物设计等。其中不乏MOE的特色功能：分子对接中涵盖蛋白-配体的共价对接，可以同时针对多个蛋白的批量对接，基于模板的对接；药效团的EHT注释方式，可以定量相互作用的强度；其交互式的3D可视化界面，使得药物化学家可以轻松地在蛋白空腔中进行化合物的设计改造，并可实时返回化合物的属性及与蛋白的亲和力等信息。

MOE在生物药领域也有相当多的应用，如蛋白模建、抗体同源模建、基于结构的蛋白设计、抗体亲和力成熟突变模拟、、酶改造优化、蛋白理化性质预测、蛋白沉聚性质优化、蛋白-蛋白相互作用预测等。

具体操作及使用说明可到医学科研数据中心平台查看