( 1 ) 基因反式剪接起源和进化的大数据研究及其在基因演化中的功能, 负责人, 国家任务, 2016-01--2019-12
( 2 ) 分子模块系统解析与耦合组装, 参与, 中国科学院计划, 2013-08--2018-08
( 3 ) 作物特殊营养品质的评价、形成机理与分子改良, 参与, 国家任务, 2013-01--2017-12
( 4 ) 天然产物小分子细胞表达图谱信息数据库及分子功能算法研究, 负责人, 国家任务, 2013-01--2016-12
( 5 ) 多种新一代测序技术的数据产生模型与优化处理方法, 负责人, 国家任务, 2012-01--2016-12
( 6 ) 基因表达调控技术研究, 参与, 国家任务, 2016-07--2020-12
( 7 ) 基于组学大数据解析RNA编辑带来的基因进化动力学改变和功能适应性, 负责人, 国家任务, 2018-01--2021-12
( 8 ) 酶库建设, 负责人, 中国科学院计划, 2016-11--2020-12
( 9 ) 基于化学生物学与质谱前沿技术的应急药物分子靶标筛选体系建设及相关技术服务, 参与, 国家任务, 2018-01--2022-12
( 10 ) 深渊生物天然产物的系统发现及应用潜力评价, 负责人, 国家任务, 2018-08--2021-12
( 11 ) 水稻功能性次生代谢的分子网络, 负责人, 中国科学院计划, 2019-11--2024-10
( 12 ) 工业反应酶库实体库及数字化建设, 负责人, 中国科学院计划, 2021-11--2024-10
( 13 ) 组学大数据解析植物长非编码RNA的系统进化和种群特异性功能, 负责人, 国家任务, 2020-01--2023-12