钟凡-复旦大学智能医学研究院
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钟凡

副研究员；智能药学、生物信息学

钟凡，男，汉族，1978.5.13

教育经历

1996.9～2000.6 中南民族学院 化学系 生物化学 本科生

2000.9～2003.6 华中科技大学 生命科学与技术学院 生化工程 硕士生

2002.3～2003.5 军事医学科学院 毒物药物研究所 药物化学 硕士联合培养

2005.3～2008.6 复旦大学 化学系 化学生物学 博士生

工作经历

2003.08～2005.03 军事医学科学院 放射医学研究所 生物信息学 科研助理

2008.07～2022.10 复旦大学 生物医学研究院 生物信息学 助理研究员、副研究员

2014.07～今 复旦大学 基础医学院 医学系统生物学系 生物医学信息学 副研究员

2014.09～2016.08 瑞典 卡罗琳斯卡医学院 生物科学与营养系 生物信息学 博士后

2017.01～2018.12 上海市松江区中心医院 消化科 双聘PI

2018.01～2022.12 同济大学 附属皮肤病医院 中心实验室 双聘PI

2022.11～今 复旦大学 智能医学研究院 智能医学 副研究员

学术任职

2012～2019 中国人类蛋白质组组织生物信息学工作组成员

2016～2021 中国人类蛋白质组组织（CNHUPO）第四届理事

2020～今 上海市抗癌协会遗传性消化道肿瘤专委会委员

成果简述

主持1项国家自然科学基金和1项上海市卫生局科研项目，参加国家传染病重大专项十一五、十二五子课题各1个，以及2个重点研发、3个973、1个863、1个国际合作、1个军工项目课题、1个国家自然科学基金重大研究计划集成项目和1个上海市“科技创新行动计划”计算生物学领域项目。共计获得科研经费1,268万元。发表责任作者SCI论文28篇，另署名作者SCI论文29篇，总引用次数~3000，h-index 24。获得2项国内发明专利和1项软件著作权，申请4项国内发明专利。引进和参与翻译两本学术专著。被Journal of Cellular Physiology、BMC Biology、BMC Genomic Data、Scientific Reports、Therapeutic Medicine等学术期刊特邀为审稿人。

研究方向

 （一）基于深度学习方法的生物医学知识图谱推理。

 （二）基于知识图谱推理的药物重定位和新药研发。

 （三）基于多模态数据融合的疾病预测和诊断模型构建。

 （四）生物医学大模型的构建和可解释性人工智能。

 （五）基于多维生命组学数据和生物分子网络的知识发现。

近五年发表责任作者论文

1. Huang Y, Zhong F*, Liu L. Uncovering latent biological function associations through gene set embeddings. BMC Bioinformatics. 2025 Mar 24;26(1):90.

2. Li Y, Xiong J, Hu Z, Chang Q, Ren N*, Zhong F*, Dong Q*, Liu L*. Denoised recurrence label-based deep learning for prediction of postoperative recurrence risk and sorafenib response in HCC. BMC Med. 2025 Mar 18;23(1):162.

3. Xia X, Zhu C, Zhong F*, Liu L*. TransCDR: a deep learning model for enhancing the generalizability of drug activity prediction through transfer learning and multimodal data fusion. BMC Biol. 2024;22(1):227-247.

4.Zhang Y, Zhong F*, Liu L*. Single-cell transcriptional atlas of tumor-associated macrophages in breast cancer. Breast Cancer Res. 2024;26:129.

5.Du D, Zhong F*, Liu L*. Enhancing recognition and interpretation of functional phenotypic sequences through fine-tuning pre-trained genomic models. J Transl Med. 2024 Aug; 22(1):756.

6.Fu Q, Dong C, Liu Y, Xia X, Liu G, Zhong F*, Liu L*. A comparison of scRNA-seq annotation methods based on experimentally labeled immune cell subtype dataset. Brief Bioinform. 2024 Jul; 25(5):bbae392.

7.Du D, Zhang Y, Zhong F*, Liu L*. Advances in Human Genome Resolution: The Role of Pan-Genomic Strategies and Fine-Tuning Pre-trained Genomic Models. Med Res Arch. 2024;12(7).

8.Zhu C, Xia X, Li N, Zhong F*, Yang Z*, Liu L*. RDKG-115: Assisting Drug Repurposing and Discovery for Rare Diseases by Trimodal Knowledge Graph Embedding. Comput Biol Med. 2023 Sep; 164:107262.

9.Xia X, Zhu C, Zhong F*, Liu L*. MDTips: A Multimodal-data based Drug-Target interaction prediction system fusing knowledge, gene expression profile and structural data. Bioinformatics. 2023 Jul 1;39(7):btad411.

10.Zhu C, Yang Z, Xia X, Li N, Zhong F*, Liu L*. Multimodal reasoning based on knowledge graph embedding for specific diseases. Bioinformatics. 2022 Feb 12;38(8):2235-2245.

11.Sun C#, Mi Y#, Ge S#, Hu Q, Xu K, Guo Y, Tan Y, Zhang Y*, Zhong F*, Xia G*. Tumor- and Osteoblast-derived Periostin in Prostate Cancer Bone Metastases. Front Oncol. 2022 Jan 11;11: 795712.

12.Gong T#, Yang L#, Shen F#, Chen H, Pan Z, Zhang Q, Jiang Y, Zhong F*, Yang P*, Zhang Y*. Computational and Mass Spectrometry-Based Approach Identify Deleterious Non-Synonymous Single Nucleotide Polymorphisms (nsSNPs) in JMJD6. Molecules. 2021 July 31;26(15). 10.3390.

13.Tan Y#, Wang M#, Zhang Y, Ge S, Zhong F*, Xia G*, Sun C*. Tumor-associated macrophages: A potential target for cancer therapy. Front Oncol. 2021 Jun 10;11: 693517.

近五年承担和参与项目

1. 上海市科技创新行动计划计算生物学领域项目“知识推理增强的多模态医疗大模型构建及重大疾病协同会诊应用”（24JS2840200），学术骨干，经费300万，起止时间2024.12~2027.11。

2. 国防科技创新特区某项目课题“基于***解析技术”，课题负责人，经费150万元，起止时间2020.1~2021.12。

3. 国家重点研发计划“精准医学研究”重点专项项目“精准医疗临床决策支持系统研发”课题“精准医疗临床决策支持系统的共性技术与平台研发”（2018YFC0910701），学术骨干，经费273.03万元，起止时间2018.7~2021.6。

4. 国家重点研发计划“精准医学研究”重点专项项目“疾病研究精准医学知识库构建”课题“基于生物信息学的精准医学知识图谱构建”（2016YFC0901903），学术骨干，经费50万元，起止时间2016.1~2021.6。

近五年获得专利

应用于肝细胞癌的一组实时定量PCR相对定量的内参基因及其筛选方法，专利号：201710971976.7，授权公告号：CN107641652B，发文序号：2017101803730510，发明人：钟凡、刘阳、徐萍、王静、赖跃新、杨志文。（申请日：2017.10.18，授权日：2021.02.19）

钟凡，男，汉族，1978.5.13

教育经历

1996.9～2000.6 中南民族学院 化学系 生物化学 本科生

2000.9～2003.6 华中科技大学 生命科学与技术学院 生化工程 硕士生

2002.3～2003.5 军事医学科学院 毒物药物研究所 药物化学 硕士联合培养

2005.3～2008.6 复旦大学 化学系 化学生物学 博士生

工作经历

2003.08～2005.03 军事医学科学院 放射医学研究所 生物信息学 科研助理

2008.07～2022.10 复旦大学 生物医学研究院 生物信息学 助理研究员、副研究员

2014.07～今 复旦大学 基础医学院 医学系统生物学系 生物医学信息学 副研究员

2014.09～2016.08 瑞典 卡罗琳斯卡医学院 生物科学与营养系 生物信息学 博士后

2017.01～2018.12 上海市松江区中心医院 消化科 双聘PI

2018.01～2022.12 同济大学 附属皮肤病医院 中心实验室 双聘PI

2022.11～今 复旦大学 智能医学研究院 智能医学 副研究员

学术任职

2012～2019 中国人类蛋白质组组织生物信息学工作组成员

2016～2021 中国人类蛋白质组组织（CNHUPO）第四届理事

2020～今 上海市抗癌协会遗传性消化道肿瘤专委会委员

成果简述

主持1项国家自然科学基金和1项上海市卫生局科研项目，参加国家传染病重大专项十一五、十二五子课题各1个，以及2个重点研发、3个973、1个863、1个国际合作、1个军工项目课题、1个国家自然科学基金重大研究计划集成项目和1个上海市“科技创新行动计划”计算生物学领域项目。共计获得科研经费1,268万元。发表责任作者SCI论文28篇，另署名作者SCI论文29篇，总引用次数~3000，h-index 24。获得2项国内发明专利和1项软件著作权，申请4项国内发明专利。引进和参与翻译两本学术专著。被Journal of Cellular Physiology、BMC Biology、BMC Genomic Data、Scientific Reports、Therapeutic Medicine等学术期刊特邀为审稿人。

研究方向

 （一）基于深度学习方法的生物医学知识图谱推理。

 （二）基于知识图谱推理的药物重定位和新药研发。

 （三）基于多模态数据融合的疾病预测和诊断模型构建。

 （四）生物医学大模型的构建和可解释性人工智能。

 （五）基于多维生命组学数据和生物分子网络的知识发现。

近五年发表责任作者论文

1. Huang Y, Zhong F*, Liu L. Uncovering latent biological function associations through gene set embeddings. BMC Bioinformatics. 2025 Mar 24;26(1):90.

2. Li Y, Xiong J, Hu Z, Chang Q, Ren N*, Zhong F*, Dong Q*, Liu L*. Denoised recurrence label-based deep learning for prediction of postoperative recurrence risk and sorafenib response in HCC. BMC Med. 2025 Mar 18;23(1):162.

3. Xia X, Zhu C, Zhong F*, Liu L*. TransCDR: a deep learning model for enhancing the generalizability of drug activity prediction through transfer learning and multimodal data fusion. BMC Biol. 2024;22(1):227-247.

4.Zhang Y, Zhong F*, Liu L*. Single-cell transcriptional atlas of tumor-associated macrophages in breast cancer. Breast Cancer Res. 2024;26:129.

5.Du D, Zhong F*, Liu L*. Enhancing recognition and interpretation of functional phenotypic sequences through fine-tuning pre-trained genomic models. J Transl Med. 2024 Aug; 22(1):756.

6.Fu Q, Dong C, Liu Y, Xia X, Liu G, Zhong F*, Liu L*. A comparison of scRNA-seq annotation methods based on experimentally labeled immune cell subtype dataset. Brief Bioinform. 2024 Jul; 25(5):bbae392.

7.Du D, Zhang Y, Zhong F*, Liu L*. Advances in Human Genome Resolution: The Role of Pan-Genomic Strategies and Fine-Tuning Pre-trained Genomic Models. Med Res Arch. 2024;12(7).

8.Zhu C, Xia X, Li N, Zhong F*, Yang Z*, Liu L*. RDKG-115: Assisting Drug Repurposing and Discovery for Rare Diseases by Trimodal Knowledge Graph Embedding. Comput Biol Med. 2023 Sep; 164:107262.

9.Xia X, Zhu C, Zhong F*, Liu L*. MDTips: A Multimodal-data based Drug-Target interaction prediction system fusing knowledge, gene expression profile and structural data. Bioinformatics. 2023 Jul 1;39(7):btad411.

10.Zhu C, Yang Z, Xia X, Li N, Zhong F*, Liu L*. Multimodal reasoning based on knowledge graph embedding for specific diseases. Bioinformatics. 2022 Feb 12;38(8):2235-2245.

11.Sun C#, Mi Y#, Ge S#, Hu Q, Xu K, Guo Y, Tan Y, Zhang Y*, Zhong F*, Xia G*. Tumor- and Osteoblast-derived Periostin in Prostate Cancer Bone Metastases. Front Oncol. 2022 Jan 11;11: 795712.

12.Gong T#, Yang L#, Shen F#, Chen H, Pan Z, Zhang Q, Jiang Y, Zhong F*, Yang P*, Zhang Y*. Computational and Mass Spectrometry-Based Approach Identify Deleterious Non-Synonymous Single Nucleotide Polymorphisms (nsSNPs) in JMJD6. Molecules. 2021 July 31;26(15). 10.3390.

13.Tan Y#, Wang M#, Zhang Y, Ge S, Zhong F*, Xia G*, Sun C*. Tumor-associated macrophages: A potential target for cancer therapy. Front Oncol. 2021 Jun 10;11: 693517.

近五年承担和参与项目

1. 上海市科技创新行动计划计算生物学领域项目“知识推理增强的多模态医疗大模型构建及重大疾病协同会诊应用”（24JS2840200），学术骨干，经费300万，起止时间2024.12~2027.11。

2. 国防科技创新特区某项目课题“基于***解析技术”，课题负责人，经费150万元，起止时间2020.1~2021.12。

3. 国家重点研发计划“精准医学研究”重点专项项目“精准医疗临床决策支持系统研发”课题“精准医疗临床决策支持系统的共性技术与平台研发”（2018YFC0910701），学术骨干，经费273.03万元，起止时间2018.7~2021.6。

4. 国家重点研发计划“精准医学研究”重点专项项目“疾病研究精准医学知识库构建”课题“基于生物信息学的精准医学知识图谱构建”（2016YFC0901903），学术骨干，经费50万元，起止时间2016.1~2021.6。

近五年获得专利

应用于肝细胞癌的一组实时定量PCR相对定量的内参基因及其筛选方法，专利号：201710971976.7，授权公告号：CN107641652B，发文序号：2017101803730510，发明人：钟凡、刘阳、徐萍、王静、赖跃新、杨志文。（申请日：2017.10.18，授权日：2021.02.19）