人才队伍

钟凡，男，汉族，1978.5.13

教育经历

1996.9～2000.6 中南民族学院 化学系 生物化学 本科

2000.9～2003.6 华中科技大学 生命科学与技术学院 生化工程 硕士

2002.3～2003.5 军事医学科学院 毒物药物研究所 药物化学 硕士联合培养

2005.3～2008.6 复旦大学 化学系 化学生物学 博士

工作经历

2003.8～2005.3 军事医学科学院 放射医学研究所 生物信息学 技术员

2008.7～2012.11 复旦大学 生物医学研究院 生物信息学助理研究员

2012.12～今 复旦大学 生物医学研究院 生物医学信息学副研究员

2014.7～今 复旦大学 基础医学院医学系统生物学系生物医学信息学副研究员

2014.9～2016.8卡罗琳斯卡医学院 生物科学与营养系 生物信息学博士后

2017.1～2018.12 上海市松江区中心医院消化科双聘PI

2018.1～今同济大学附属皮肤病医院中心实验室双聘PI

学术任职

2012～2019 中国人类蛋白质组组织生物信息学工作组成员

2016～2021 中国人类蛋白质组组织（CNHUPO）第四届理事

2020～今上海市抗癌协会遗传性消化道肿瘤专委会委员

研究经历

博士、副研究员、硕导。2000年毕业于中南民族大学化学系生物化学专业，获学士学位；2003年毕业于华中科技大学生命科学与技术学院生物化学工程专业，获硕士学位；2008年毕业于复旦大学化学系化学生物学专业，2010年获博士学位。2008年8月留校于复旦大学生物医学研究院任助理研究员，2012年12月晋升副研究员。2012年任中国人类蛋白质组学组织（CNHUPO）生物信息学工作组成员。2014年7月双聘为复旦大学基础医学院医学系统生物学系副研究员。2014年9月～2016年8月赴瑞典卡罗琳斯卡医学院生物科学与营养系Jussi Taipale教授课题组开展博士后工作。2016~2020年担任CNHUPO理事。2017年1月~2018年12月双聘为上海市松江区中心医院消化科PI。2018年1月起双聘为同济大学附属皮肤病医院中心实验室PI。

硕士阶段从事植物组织和肿瘤细胞系培养，HBV、HPV表面抗原和IL12的重组表达，细胞培养动力学计算机建模，紫杉醇肝靶向结构化改造等课题。硕士毕业后先后从事蛋白质组学实验和生物信息学研究，主要包括人胎肝表达谱蛋白质组和人类肝脏蛋白质组计划（HLPP）的数据收集、处理和分析及平台建设工作。博士期间研究方向为系统生物学组学数据处理的方法论研究：建立和完善了基于质谱和二维凝胶灰度的大规模蛋白半定量方法；创建了从样品配对设计、转录组数据处理到生物学挖掘分析的平台；提出了转录组与蛋白组对接的新方法，并从生物学和进化角度进行了解释。先后围绕以肝癌、前列腺癌等为代表的恶性肿瘤开展多组学数据整合研究，包括标志物/药靶发现和预测预后模型建立。

已主持1项国家自然科学基金和1项上海市卫生局科研项目，参加国家传染病重大专项十一五、十二五子课题各1个，以及2个重点研发、3个973、1个863、1个国际合作项目、1个军工项目课题和1个国家自然科学基金重大研究计划集成项目。共计获得科研经费1,268万元。发表责任作者SCI论文20篇，另署名作者SCI论文27篇，总引用次数1400，H因子17。获得2项国内发明专利和1项软件著作权，申请3项国内发明专利。引进和参与翻译两本学术专著《分子克隆手册：蛋白质—蛋白质相互作用》、《系统生物学的理论、方法和应用》。被BMC Genomic Data、Scientific Reports、Therapeutic Medicine等杂志特邀为审稿人。

研究方向

（一） 基于深度学习方法的生物医学知识图谱推理。

（二） 基于知识图谱推理的药物重定位和新药研发。

（三） 基于多模态数据融合的疾病预测和诊断模型构建。

（四） 基于多组学数据和生物分子网络的数据挖掘和知识发现。

（五） 精准医学大数据知识库和知识图谱构建。

代表性论文（12篇）

l Zhu C, Yang Z, Xia X, Li N,Zhong F*, Liu L*. Multimodal reasoning based on knowledge graph embedding for specific diseases.Bioinformatics. 2022 Feb 12:btac085.

l Sun C#, Mi Y#, Ge S#, Hu Q, Xu K, Guo Y, Tan Y, Zhang Y*,Zhong F*, Xia G*. Tumor- and Osteoblast-derived Periostin in Prostate Cancer Bone Metastases.Front Oncol. 2022 Jan 11;11: 795712.

l Tan Y#, Wang M#, Zhang Y, Ge S,Zhong F*, Xia G*, Sun C*. Tumor-associated macrophages: A potential target for cancer therapy.Front Oncol. 2021 Jun 10;11:693517.

l Zhong F#, Jiang Y#*. Endogenous Pancreatic β Cell Regeneration: A Potential Strategy for the Recovery of β Cell Deficiency in Diabetes.Front Endocrinol (Lausanne). 2019 Feb 20;10:101.

l Tu J#, Chen Y, Cai L, Xu C, Zhang Y, Chen Y, Zhang C, Zhao J, Cheng JK, Xie H, Zhong F*, He F*. Functional Proteomics Study Reveals SUMOylation of TFII-I is Involved in Liver Cancer Cell Proliferation. J Proteome Res. 2015 Jun 5;14(6):2385-2397.

l Shen H#,Zhong F#, Zhang Y#, Yu H, Liu Y, Qin L, He F, Tang Z, Yang P*. Transcriptome and proteome of HCC reveal shared metastatic pathways with significant genes.Proteomics. 2015 Jun;15(11):1793-1800.

l Liu Y#, Ying W#, Ren Z#, Gu W#, Zhang Y, Yan G, Yang P, Liu Y, Yin X, Chang C, Jiang J, Fan F, Zhang C, Xu P, Wang Q, Wen B, Lin L, Wang T, Du C, Zhong J, Wang T, He QY, Qian X*, Lou X*, Zhang G*,Zhong F*. Chromosome 8-coded proteome of Chinese Chromosome Proteome Data Set (CCPD) 2.0 with partial immunohistochemical verifications.J Proteome Res. 2014 Jan 3;13(1):126-136.

l Zhang Y#, Yan G#, Zhai L#, Xu S#, Shen H, Yao J, Wu F, Xie L, Tang H, Yu H, Liu M, Yang P, Xu P, Zhang C, Li L, Chang C, Li N, Wu S, Zhu Y, Wang Q, Wen B, Lin L, Wang Y, Zheng G, Zhou L, Lu H*, Liu S*, He F*,Zhong F*. Proteome atlas of human chromosome 8 and its multiple 8p deficiencies in tumorigenesis of the stomach, colon, and liver.J Proteome Res. 2013 Jan 4;12(1):81-88.

l Zhong F#, Yang D#, Hao Y#, Lin C#, Jiang Y, Ying W, Wu S, Zhu Y, Liu S, Yang P, Qian X, He F*. Regular patterns for proteome-wide distribution of protein abundance across species.PLoS One. 2012 Mar 9;7(3):e32423.

l Chinese Human Liver Proteome Profiling Consortium. First insight into human liver proteome from PROTEOME^SKY-LIVER^Hu 1.0, a publicly-available database.J Proteome Res. 2010 Jan;9(1):79-94.

l Sun W#,Zhong F#, Zhi L#, Zhou G*, He F*. Systematic -omics analysis of HBV-associated liver diseases.Cancer Letters. 2009 Dec 1;286(1):89-95.

l Ying W#, Jiang Y#, Guo L#, Hao Y#, Zhang Y#, Wu S#,Zhong F#, Wang J, Shi R, Li D, Wan P, Li X, Wei H, Li J, Wang Z, Xue X, Cai Y, Zhu Y, Qian X*, He F*. A dataset of human fetal liver proteome identified by subcellular fractionation and multiple protein separation and identification technology.Molecular & Cellular Proteomics. 2006 Sep;5(9):1703-1707.

承担和参与科研项目（按承担时间排序，后同）

1. 军工项目课题，以课题负责人身份承担经费150万元，起止时间2020.1~2021.12。

2. 国家重点研发计划（National Key Research and Development Program of China）“精准医学研究”重点专项项目“精准医疗临床决策支持系统研发”课题“精准医疗临床决策支持系统的共性技术与平台研发”（2018YFC0910701），以学术骨干身份承担经费273.03万元，起止时间2018.7~2021.6。

3. 国家重点研发计划“精准医学研究”重点专项项目“疾病研究精准医学知识库构建”课题“基于生物信息学的精准医学知识图谱构建”（2016YFC0901903），承担经费50万元，起止时间2016.1~2021.6。

4. 国家自然科学基金（National Natural Science Foundation of China）重大研究计划集成项目“补体激活在结肠炎恶性转化过程中发挥关键作用的网络调控研究”（91659301），以学术骨干身份承担经费6.54万元，起止时间2017.1~2018.12。

5. 国际科技合作专项项目（Program of International S&T Cooperation）课题“中国人类蛋白质组学数据的知识发现”（2014DFB30020）子课题，以学术骨干身份承担经费200万元，起止时间2014.4.1~2018.4.1。

6. 国家重点基础研究发展计划973项目（National Basic Research Program of China）课题“基于相互作用网络构建及分析的蛋白质功能研究”（2013CB910802）子课题“结肠炎向结肠癌恶性转变过程中的免疫调控网络研究”，以学术骨干身份承担经费82万元，年限2013~2017。

7. 国家高技术研究发展计划863项目（National High Technology Research and Development Program of China）“蛋白质组技术及分子标志物研发”课题“蛋白质功能网络与定量分析的关键技术研究与开发”（2012AA020201），以学术骨干身份承担经费60万元，年限2012~2015。

8. 国家传染病重大专项（Chinese State Key Project Specialized for Infectious Diseases）“艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治”十二五课题“病毒性肝炎相关肝癌转移复发的预测诊断与干预”（2012ZX10002012-006）子课题“肿瘤侵袭转移的基因网络及其预测标志物和靶点的验证”，以学术骨干身份承担经费68.355万元，年限2012~2015。

9. 国家自然科学基金青年项目“生物分子网络分析系统的建立及其网络模块化挖掘”（31000379），项目经费20万元，年限2011~2013。

10. 上海市卫生局（Shanghai Health Bureau Project）青年科研项目“基于多维组学数据的肝癌预测模型构建和生物标志物发掘”（2010Y005），项目经费2万元，年限2011~2012。

11. 国家重点基础研究发展计划973项目“蛋白质组海量质谱数据的解析及其在人类基因组注释中的应用”（2010CB912704）课题，以学术骨干身份承担经费100万元，年限2010~2014。

12. 国家科技重大专项（National Science and Technology Major Project）“艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治”课题“肝炎进展为肝癌的风险预测和早期诊断研究”（2008ZX10002-016）子课题“利用生物信息学方法整合多种组学数据发现肝炎进展为肝癌过程中的生物标志物”，以子课题组长身份承担经费71.58万元，年限2008~2010。

13. 国家基础科学研究973项目“人类肝脏蛋白质组重要科学问题研究”（2006CB910803）课题“人类肝脏蛋白质组支撑技术的研究”子课题“肝癌转移的系统生物学研究”，以学术骨干身份承担经费184.6万元，年限2008~2010。

译著（按出版时间排序）

1. 《系统生物学的理论、方法和应用》，复旦大学出版社，出版日期：2008年1月，ISBN：978-7-309-05787-4/Q.67。

2. 《分子克隆手册：蛋白质—蛋白质相互作用》，中国农业出版社，出版日期：2004年10月，ISBN：978-7-109-09158-0/Q.51。

获奖

优秀青年学者奖，第八届中国蛋白质组学大会，中国生物化学与分子生物学学会蛋白质组学专业委员会，重庆，2013.9.7-10。

专利、软件著作权

l 一种测量补体蛋白C1R表达量的方法，申请号：202010312780.9，申请日：2020.04.20，发文序号：2020042100046010，发明人：钟凡、张扬。

l 一种测量补体蛋白C3表达量的方法，申请号：202010312779.6，申请日：2020.04.20，发文序号：2020042100044960，发明人：钟凡、张扬。

l 一种针对血清中触珠蛋白的MRM/SRM 测定方法，申请号：201911300760.3，申请日：2019.12.17，发文序号：2019121702152120，发明人：钟凡、张扬。

l 应用于肝细胞癌的一组实时定量PCR相对定量的内参基因及其筛选方法，专利号：201710971976.7，授权公告号：CN107641652B，发文序号：2017101803730510，发明人：钟凡、刘阳、徐萍、王静、赖跃新、杨志文。（申请日：2017.10.18，授权日：2021.02.19）

l PathPPI数据库平台[简称：PathPPI] v1.0，软件登记号：2018SR241450，完成人：钟凡、唐海琳，授予日期：2018.04.10。

l 一种差异蛋白质组学的分类方法，专利号：200910052187.9，授权公告号：CN101901345B，发文序号：2012111300212430，IPC分类号：G06K 9/62，发明人：贺福初、罗凯旋、钟凡、汪海健。（申请日：2009.05.27，授权日：2013.02.27）