JGG|我院杨桢/何云刚团队构建tsRNA相关疾病信息数据库-复旦大学智能医学研究院
首页
首页 > 科研成果 > 正文

tsRNA (tRNA-derived small RNA)是一类起源于前体或成熟tRNA的非编码小RNA分子,由不同核酸酶通过多种方式切割形成。tsRNA广泛存在于多种组织细胞中,其表达类型、丰度及修饰状态与特定组织细胞类型及疾病状态密切相关,可作为多种疾病的潜在诊断生物标志物和治疗靶点。然而,目前仍缺乏整合不同疾病相关tsRNA信息的高质量生物数据资源,在一定程度上制约了tsRNA相关基础研究及其在生物医学领域的应用。

2025812日,Journal of Genetics and Genomics杂志在线发表复旦大学智能医学研究院杨桢/何云刚团队与皖南医学院弋矶山医院杨辉博士合作题为tsRNADisease: a manually curated database of tsRNAs associated with human disease的研究论文。该研究通过系统整理经实验验证的tsRNA–疾病关联数据,构建了首个专注于tsRNA–疾病关联信息的数据库(tsRNADisease),为相关疾病的机制探索和生物标志物发掘提供了重要数据资源。

该研究通过系统检索PubMed等文献数据库,手动收集经实验验证的tsRNA疾病关联数据,并对tsRNA和疾病名称进行严格筛选及标准化处理。tsRNADisease还提供tsRNA表达模式、实验技术、功能简述、原始参考文献和附加注释信息,并根据实验证据类型将条目分为4个可信度等级。当前版本数据库共收录5571个经验证的tsRNA疾病关联条目,涵盖4759tsRNA166种疾病;同时整合了5013条预测的tsRNA疾病关联条目。该数据库提供友好的用户交互界面,支持用户检索、浏览、下载及向数据库提交新数据等操作。

1. tsRNADisease数据库功能页面

通过该数据库可方便检索已有tsRNA在疾病领域的相关研究,为揭示tsRNA在疾病中的调控模式,辅助发现生物标志物和开发治疗靶点提供了重要数据资源。研究人员可通过(http://www.compgenelab.info/tsRNADisease)访问该数据库。

皖南医学院弋矶山医院杨辉博士、魏慧君实验师,及复旦大学生物医学研究院硕士研究生朱韶英为该论文共同第一作者。皖南医学院弋矶山医院吕坤教授,复旦大学智能医学研究院及附属浦东医院杨桢青年副研究员为该论文共同通讯作者。相关工作得到了国家自然科学基金、上海市教委人工智能赋能学科跃升计划等项目资助。

原文链接:https://doi.org/10.1016/j.jgg.2025.08.001


下一篇:Nat Commun丨我院杨桢/何云刚团队构建miRNA表达谱细胞异质性解析模型